La gestión y supervisión del Sistema Nacional de Áreas (SNAP) Protegidas corresponde al Servicio. Mediante un plan estratégico, se dará cumplimiento de los objetivos del Sistema, el que contendrá, al menos, lo siguiente:

• Revisión y actualización de la planificación del Sistema, incluyendo prioridades de creación, ampliación y cambios de categorías de áreas protegidas; estado de avance en el cumplimiento de metas y objetivos; y definición de los ajustes normativos necesarios para la adecuada gestión del Sistema.
• Programa de financiamiento del Sistema de acuerdo a lo que disponga la Ley de Presupuestos del Sector Público.
• Programa de fortalecimiento de capacidades.
• Programa de información, interpretación y sensibilización.
• Programa de priorización y planificación del turismo, el cual se realizará en conjunto con la Subsecretaría de Turismo.
• Programa de cooperación internacional.
• Mecanismos de seguimiento y evaluación de los programas.
• Programa de participación y vinculación comunitaria y de pueblos originarios.